Aufgrund der großen Zahl verschiedener Lebensräume am Neustädter Binnenwasser beherbergt das Naturschutzgebiet eine Vielzahl an besonderen Pflanzenarten, von denen die meisten in der Normallandschaft nicht mehr vorkommen. Viele dieser Pflanzenbestände haben in Schleswig-Holstein soweit abgenommen, dass sie auf der Roten Liste der gefährdeten Pflanzenarten stehen. Von großer Bedeutung ist hierbei, dass das Gebiet in geringem Abstand viele Übergänge zwischen den einzelnen Lebensräumen aufweist. Deutlich wird dies am Beispiel des Echten Selleries, der gern am Übergang zwischen Salzgrünland und Brackwasserröhrichten wächst.